सन् 1206 मा बहादुर थ्येमूचेनले पूरै मंगोलियाली घाँसे मैदानलाई एकीकरण गरे। विभिन्न मंगोलिया जातीय समूदायले भेला भएर थ्येमूचेनलाई खाँ अर्थात नेताको नियुक्त गरे। थ्येमूचेनले मंगोलिया राज्यको स्थापना गरेर मंगोलिया राज्यको दासत्व राष्ट्रिय व्यवस्थापनको पनि स्थापना गरे। मंगोलिया राज्य उत्तरी घाँसे मैदानमा नयाँ उदीयमान बलियो शक्ति बन्यो। जीन राज्यले मंगोलिया राज्यको शासन गरेका हुनाले पहिलेदेखि नै दीर्घकालसम्मका लागि सम्पत्ति कर मागेका थिए। यसरी मंगोलिया राज्यका जनताहरू जीन राज्यको यस्तो रवैयाप्रति असंतोष थिए। त्यसैले सन् 1211 देखि बहादुर थ्येमूचेनले दक्षिणतिरबाट जीन राज्यमाथि आक्रमण गर्नथाले। तर पहिला दुई पटकको आक्रमणमा मंगोलिया राज्यले केही सफलता पाए तापनि अन्त्यमा विफल भएर सेनालाई फिर्ता बोलायो। सन् 1213 को शरद ऋतुमा तेस्रोपटक जीन राज्यमाथि आक्रमण गरेको बेलामा ह्वाङ्ग ह नदीको उत्तर किनारासम्म पुगेको थियो। बाध्यतामा जीन राज्यले शान्ति-वार्ता गर्न अनुरोध गर्यो। मंगोलिया राज्यको सेनाले कब्जामा लिएका जनता र सम्पदासँगै बसोबास क्षेत्रमा फर्केका थिए।
सन् 1214 मा जीन राज्यका सम्राट स्युआन चुङ्गले राजधानीलाई वर्तमान ह नान प्रान्तीय खाइफङ्ग शहरमा सारेका थिए। थ्येमूचेनले तुरुन्तै रुपमा सेनाको नेतृत्व गरेर दक्षिणतिर आक्रमण गरे। तीन वर्षको संघर्षमा मंगोलिया राज्यको सेनाले वर्तमान वल्लो शान सी प्रान्तीय युङ्ग चि जिल्लाको कब्जा गर्यो। वल्लो शान सीबाट पल्लो शान सीतिर जाने क्रममा मंगोलिया सेनाको आक्रमण विफल भयो।
सन् 1227 जुलाइ महिनामा विरामी भएका कारणले थ्येमूचेनको निधन भयो। उनको तेस्रो छोरो वखुवथाइले राज्यारोहण गरे। जीन राज्यलाई समाप्त पार्नका लागि वखुवथाइले सेनाको नेतृत्व गरेर फेरि एक पटक जीन राज्यमाथि आक्रमण गरे। सन् 1232 मा मंगोलिया राज्यको सेनाले जीन राज्यको राजधानी कब्जा गरेपछि जीन राज्यका सम्राट आइ चुङ्ग भागेर अर्को शहरमा लुकेका थिए।
सन् 1233 मा मंगोलिया राज्य र सोङ्ग राजवंशले सन्धि गरेर सहयोगात्मक रुपमा जीन राज्यका सम्राट आइ चुङ्ग बसेको शहर छाइ चौमाथि आक्रमण गरे। तीन महिनापछि छाइ चौ शहरको प्रतिरक्षा विफल भयो र सम्राट आइ चुङ्गले आत्महत्या गर्यो। यसरी जीन राज्यको अन्त भयो।
जीन राज्यको अन्तपछि दक्षिण सोङ्ग राजवंशले जीन राज्यको कब्जामा रहेको आफ्नो भूमि फिर्ता लिने योजना गर्यो। तर दक्षिण सोङ्ग राजवंशले सहयोग सन्धिमाथि उल्लंघन गरेको निहुँमा वखुवथाइले दक्षिण सोङ्गमाथि आक्रमण गरे। त्यसपछि दुई पक्षबीच धेरैपटक युद्ध भयो।
